В данной статье нами рассматривается проблема взаимодействия органов ФТС и ФНС. Целью данной работы является - обозначение основных инструментов взаимодействия органов ФТС и ФНС. Предметом данной работы является общие направления в деятельности органов таможенной и налоговой службы. В результате исследования мы пришли к выводу, что совместная деятельность данных органов, основана на интеграционных процессах различных аспектов, таких как создание совместных, правовых актов, планирование проверок, участников ВЭД, разработка новых информационных технологий, с целью ускорения обмена данными. Результаты исследования, полученные при исследовании, могут применяться в области экономического, финансового анализа, оценки эффективности деятельности органов государственной власти. Таким образом можно сделать вывод, что на современном этапе взаимосвязь органов ФТС и ФНС основана на общем обмене информации, плановых проверках осуществляемая данными структурами, а так же создание общей нормативной базы, которая в будущем могла бы ускорить процесс взимания налоговых и таможенных платежей.